南海神贵为全国“四大海神”（注：四大海神，南海神“祝融”，东海神“勾芒”，北海神“玄冥”，西海神“蓐收”（rù shōu）。）之首，管治浩瀚的南海必须有自己的居所。隋开皇年间，出于巩固封建皇权的需要，隋文帝下诏于近海立祠祭四海。自此，南海神庙得以兴建。
南海神庙的布局理念
南海神庙有优越的地理位置。一是靠近南海出海口，附近有港口，方便海船出入祭祀；二是附近有一定的人口，方便人们顶礼膜拜和供奉管理。位于南海之滨珠江口的扶胥镇被称为“去海不过百步，向来风涛万顷，岸临不测之渊”。（注：(清)崔弼：《波罗外纪》，清嘉庆九年（1804年）刻本，卷二《庙境》，第7页。）扶胥镇庙头村 （注：今广州市黄埔区穗东街庙头社区。）离广州城区近40公里(旧指80里)，在珠江北岸，面朝扶胥江，东连狮子洋，下接虎门，背靠广州，是古代出入广州的海路交通重地，经此放洋出海，可以抵达南海各国。因此，这里是建海神庙十分理想之地。根据隋文帝的册封令，于隋开皇十四年（594年）就在此兴建了南海神庙，使南海神祝融有了自己的居所。
南海神庙的外观设计具有周代建筑遗风。据专家考证，南海神庙现存建筑，大多为清代以后重建，前堂后寝，有两垫、仪门、复廊及东西廊庑（注：廊庑（láng wǔ），指堂下四周的廊屋。），尚可考见唐代坛庙的布局遗制；而头门依周门堂制，复廊为春秋王制产物，为国内现存孤例。这些建筑风格神韵既可与北京天坛、地坛相媲美，又彰显了岭南坛庙建筑特色，沿着坛庙中轴线前行，还处处体现着广府人祈盼世界和平、国泰民安、出海平安的理念。
①“海不扬波”石牌坊。一千多年的时间里，上至皇族、下到百姓，无数人怀揣着乞降甘霖的愿望，不远万里来到南海神庙虔诚朝拜；不少人坚信南海神能够真正给人们带来幸福，也许它就是镌刻在南海神庙前石牌坊的“海不扬波”四个大字——寓意风平浪静，太平无事。
②头门，庭院安全防护之门。庭院东、西侧各有一对青石华表，一对石狮子，这显示出古庙的威严与不凡气度。大门两边分别画有古代门神秦琼与尉迟恭的彩绘像。这两位神日夜守护着神庙，其忠心耿耿可谓是千百年来如一日。华表是中华民族的传统建筑物，有着悠久的历史。相传华表既有道路标志的作用，又有过路行人留言的作用。在这根木柱上，行人可以在上面刻写意见，因此它又叫“谤木”或“诽谤木”。据专家考证，南海神庙的华表（顶端有双狮），保持了尧时诽谤木的基本形状，寓意南海神勤政为民，体察民情，矢志不渝地为百姓消解灾厄；南海神庙的石狮为明代红砂石雕，显露南狮喜气但不失威武的风格，体现了广府人祈求太平祥和的美好愿望。
③仪门，礼仪之门。它分为中间大门和侧门。中门只供高官贵族进出，其他官阶低或普通人只能走侧门。仪门上方是一刻有“圣德咸沾”的横匾，对联是“镇海神休永，司南庙貌崇”，体现了广府人对“南海神”高尚美德的崇敬。
④礼亭，官员拜祭南海神的地方。这是一座木结构单檐歇山顶建筑。南海神庙是中国历代帝王祭海场所，唐代以来朝廷官方每年祭祀五岳、四海的制度，祈求国家平安，风调雨顺。封建王朝的更迭，新君王登基，依例也要祭南海神。神庙中心左侧小亭有一块康熙皇帝提写的“万里波澄”碑，是康熙王朝当年“开海”政策以及祈求海上贸易平安的有力见证。
⑤大殿，供奉南海神祝融及六侯（注：六侯，指助利侯达奚司空、助惠侯杜公司空、济应侯巡海曹将军、顺应侯巡海提点使、辅灵侯王子一郎、赞宁侯王子二郎。）。大殿正中安放了连座高3.8米的南海神——祝融的塑像。大殿左右有六侯塑像，据说这六个人都是为南海神治理海上风云而各自立下大功。遂于绍兴十五年（1145年）宋高宗颁令册封达奚司空等为“六侯”。方渐（注：方渐，福建莆田人(生卒不详)，其五世祖由游洋迁莆郡城北轮井。宋重和元年(1118年)进士。历任梅州、潮州、南恩州知州，官至朝散大夫。）的《绍兴六侯碑》（六侯之记）以及大量的民间传说，将六候不断神化甚至带有浓厚的迷信色彩，是北宋时期“志怪文化”的产物，但另一方面又体现了广府人对消除灾厄、祈盼平安与幸福的向往。
⑥昭灵宫，也叫后殿，是南海神夫人的寝宫。南海神夫人在宋朝时期被封为“明顺夫人”。据民间传说，她原来是顺德的一个养蚕女子，一年大旱，祈雨，愿为南海神侍妾，海神感动，纳其为妻，后化为神，享用人间香火。她除了具有与南海神一样的法力外，还有“送嗣”的职能，是妇女、儿童的保护神。
南海神最重要的“神功”就是在航海业极昌盛的广州，保佑“海不扬波，广利民生”。当然人们的愿望又是多样的，从祈求风调雨顺、击退敌寇、民族统一，再到各种各样的衍生功能，如祈求子嗣、保护妇幼平安等无所不包。由此带来了南海神庙在中国古代海神庙独树一帜的地位。
南海神庙的神权地位
中国古代朝廷曾先后敕建四大海神庙。东海神庙建祠始于西汉（前100—前90年间），但1946年秋，国民党军大举进攻胶东，东海神庙被毁；清乾隆四年（1739年）乾隆帝敕建北海神庙，但毁于清光绪二十六年（1900年）八国联军之手（直至1988年才得以恢复）；西海神祭祀是在河渎庙及青海湖祭海台望祭的（西海神至今无庙）。南海神庙则是中国古代四大海神庙中唯一留存并保存完整的海神庙。同时，南海神庙又是一座“社稷庙”，与北京的天坛、地坛有着几乎同等的地位。一千多年来，南海神不断受到历代封建统治者的加封，南海神庙作为我国第一大海神庙的地位始终没有动摇，这与广州、广府、岭南乃至南海在全国政治、经济、军事和文化领域的重要地位以及广府人尊崇神权皇权密不可分。
第一，南海具有极其重要的军事战略地位。南海扼两洋、制八方，军事战略地位十分重要。首先，南海是中国南方安全的重要屏障。如果无法有效控制南沙及其相关海域，中国南方的军事防御纵深将缩减上千公里。其次，南海也是中国海上作战前出重要通道。随着对外贸易与海洋经济的发展，中国在维护日益拓展的国家海外利益时，必须拥有畅通、便捷的前出通道。最后，南海是制衡外来势力干预的要冲。作为欧亚海上交通的要道，南海不仅对中国事关重大，也是中国周边大国的重要贸易与能源通道。为了维护国家安全，封建统治者打着“神权至上”“君权神授”的旗号，通过“礼乐”作出种种姿态，让当地官吏和庶民在“南海神”的庇护下保境内平安，从而实现国泰民安，共享太平。
第二，南海具有极其重要的经济地位。南海不仅拥有巨大的水产资源、丰富的油气和矿产资源，也是中国重要的能源和贸易通道。南海地处低纬热带，雨量充沛，南部岛礁密布，海底由陆架、陆坡、深海盆地阶梯式构成，海洋生物繁殖生长，是中国海洋渔产种类最多的地方。南海地区是封闭状态的环陆海，共形成24个沉积盆地，利于各种物质沉淀，总面积达120万多平方公里。南海素有“亚洲地中海”之称，是中国古代海上贸易的重要生命线。对外贸易的繁荣，能有力确保国家经济安全，从而为国家政治、军事、社会、文化安全提供物质保障，因此，历代封建统治者都十分注重南海作为中国对外经济贸易窗口地位，祈盼“南海神”保佑对外贸易平安和船民出海平安。
第三，广州自古以来就是对外贸易的重要港口。在秦汉时期，广州作为古代海上“丝绸之路”的始发港，与海外交往频繁。中国的丝织品、瓷器、铁器、铜钱、纸张、金银等以广州为起航站运往海外，换回珠宝、香药、象牙、犀角等，广州成为当时世界上最为著名的贸易大港。元代，世界上与广州有贸易往来的国家与地区有140多个。明代，广州便有了“出口商品交易会”。清朝实行“一口通商”后，广州成为全国唯一的对外通商口岸，成为国家财政收入的主要来源地。对外通商的繁荣也促进了广州与海外政治、经济和文化交往。广州世界大港的地位，迫切需要历朝封建统治者加强皇权与神权交织统治，否则疆土分崩离析、国无宁日。因此，海上贸易为广州以及广府地区的经济繁荣提供了条件，海事活动的增多，推动了封建政权对南海地区的重视及民间对南海神崇拜影响的扩大。
第四，广府人尊崇神权皇权。主要有四方面原因：一是岭南社会经济的发展随着北方特别是长江中游人民的南迁增多，荆楚属民对南方始祖祝融的崇拜影响到了广东沿海一带。历史上几次大的移民潮，广府地区都成为中原南下移民的最后归宿地，来自五湖四海的移民群，带来了中原祥和文化及各地的文化元素，也带来了“神权至上”的封建统治政治理念。二是广府远离国家政权中心，广府人自古就深谙“偏安一隅”的生存术，曾有“斗官穷、斗鬼绝、斗倒衙门屎窟（注：屎窟，广州话是指屁股。）裂”的俗语。唐朝岭南节度使郑、郑续和高州太守林霭，太平天国天王洪秀全，都是很典型的例子。洪秀全作为一个在长期封建专制君主制环境里成长的农村知识分子，其最高的政治理想就是成为一个专制帝王，“生杀由天子，诸官莫得违”和“万国定咸宁，王独操威柄”；然而他所建立的太平天国，还是以“拜上帝”的信仰作为精神支柱，足见这场运动本身就带有浓厚的神权色彩。三是大量志怪小说、民间传说渲染强化“神灵”的力量。如，《搜神记》，收录了不少广府地区的“神灵”故事：《钟鼓相逢 天降甘霖》，通过黄埔人与增城新塘人联手求雨，极大地显示了南海神的神权地位；《梁天来》（七尸八命九含冤），把“善恶到头终有报，只争来早与来迟”的神灵信仰观揭示得淋漓尽致，从而顺应了封建统治者神权与皇权交织统治的政治需要。四是韩愈的《南海神庙碑记》明确指出“南海神次最贵”，此碑成为人们考证南海神庙最原始的资料之一，被中央和地方统治者多次引用，民间传颂甚广，使南海神崇拜活动历久不衰；同时，后来的苏东坡、汤显祖、陈献章等著名文士游历及题刻也为南海神庙影响的扩大起到了推动作用。
